 |
İngilizce Metin |
| To fully describe gene expression dynamics requires the ability to quantitatively capture expression in individual cells over time. Automated systems for acquiring and analyzing real-time images are needed to obtain unbiased data across many samples and conditions. We developed a microfluidics device, the RootArray, in which 64 Arabidopsis thaliana seedlings can be grown and their roots imaged by confocal microscopy over several days without manual intervention. To achieve high throughput, we decoupled acquisition from analysis. In the acquisition phase, we obtain images at low resolution and segment to identify regions of interest. Coordinates are communicated to the microscope to record the regions of interest at high resolution. In the analysis phase, we reconstruct three-dimensional objects from stitched high-resolution images and extract quantitative measurements from a virtual medial section of the root. We tracked hundreds of roots to capture detailed expression patterns of 12 transgenic reporter lines under different conditions. |
 |
Türkçe Çevirisi |
| Gen ekspresyonunun dinamiklerini tam olarak tanımlamak için, zaman içinde bireysel hücrelerde ekspresyonu niceliksel olarak yakalama yeteneği gereklidir. Birçok örnek ve koşulda tarafsız veri elde etmek için gerçek zamanlı görüntüleri elde etmek ve analiz etmek için otomatik sistemlere ihtiyaç vardır. 64 Arabidopsis thaliana fidelerinin bulunduğu bir Mikroakışkan cihazı olan RootArray geliştirdik kökleri, manuel müdahale olmaksızın birkaç gün boyunca konfokal mikroskopi ile büyütülebilir ve görüntülenebilir. Ulaşmak yüksek verim, satın alma işlemini analizden ayırdık. Satın alma aşamasında, ilgi alanlarını belirlemek için düşük çözünürlükte ve segmentte görüntüler elde ediyoruz. Koordinatlar, ilgi alanlarını yüksek çözünürlükte kaydetmek için mikroskopa iletilir. Analiz aşamasında, dikişli yüksek çözünürlüklü görüntülerden üç boyutlu nesneleri yeniden yapılandırır ve kökün sanal bir medial bölümünden kantitatif Ölçümler çıkarırız. Farklı koşullar altında 12 transgenik muhabir çizgisinin ayrıntılı ifade kalıplarını yakalamak için yüzlerce kök izledik. |